Az ONEI az egészségügyért felelős miniszter irányítása alatt álló, önállóan működő és gazdálkodó költségvetési szervként az Országos Alapellátási Intézetnek, valamint az Országos Gyermekegészségügyi Intézetnek az Országos Egészségfejlesztési Intézetbe való beolvadásával jön létre. Székhelye Budapest, vezetője az országos hatáskörrel rendelkező főigazgató, akit az egészségügyért felelős miniszter öt évig terjedő, határozott időre nevez ki.
Az ONEI szakmai iránymutatást ad az Országos Tisztifőorvosi Hivatal és azon keresztül az annak szakmai irányítása alá tartozó szervek részére a népegészségügyi és egészségfejlesztési feladatok végrehajtása érdekében.
A kormányrendelet-tervezet értelmében az ONEI feladataként a többi között irányítja a népegészségügyi politika szakmai megalapozását, közreműködik a táplálkozás és az egészségi állapot közötti összefüggések elemzésében, s a lakosság egészségi állapotát meghatározó vagy jelentős mértékben befolyásoló jogszabályok megfogalmazásában.
Az új intézet komplexen vizsgálja a népegészségügyi helyzetet, nyomon követi a változásokat, előrejelzéseket készít, s az eredményeket hozzáférhetővé teszi az egészségügyi, a népegészségügyi szakemberek, az országos és a helyi egészségpolitikai döntés-előkészítők és döntéshozók, valamint a lakosság számára. Emellett egészségkommunikációs, egészségfejlesztési és egészségnevelési programokat dolgoz ki, koordinálja és támogatja azok végrehajtását.
A leendő ONEI nemzeti fókuszpontként és szakmai-módszertani központként működik a kábítószer-fogyasztás, a dohányzás, az alkoholfogyasztás és más szenvedélybetegségek, továbbá a lelki egészség területén, a kábítószer-probléma kezelése érdekében tudományos és kutatói hátteret biztosít, irányelveket, standardokat fejleszt ki, felelős lesz továbbá a veleszületett rendellenességek és a ritka betegségek nyilvántartásáért.
A tervezet kiemeli, hogy az új intézet feladatainak megvalósítása során kiemelt figyelmet fordít a hátrányos helyzetű társadalmi csoportokra. Az ONEI mindezek mellett háttértanulmányokat, egészségpolitikai elemzéseket, hatásvizsgálatokat és hatékonysági vizsgálatokat készít, illetve a szakterületén együttműködik az Európai Unió népegészségügyi politikájának kialakításában, részt vesz a kapcsolódó programok kidolgozásában is.
Paller Judit országos tiszti főorvos februárban beszélt arról, hogy az Országos Tisztifőorvosi Hivatal kilenc háttérintézménye még átalakítás előtt áll. Ezeket a terv szerint három szervezetbe csoportosítanák, s így jönne létre a jövőben az országos járványügyi központ, az országos egészségügyi intézet és az országos népegészségügyi intézet.